Fino al secolo XIX non era certo quale fosse il luogo dove la pianta del caffè ebbe origine, oltre all'Etiopia e le regioni dell'Africa orientale si ipotizzava la Persia e lo Yemen.
Sull'origine del caffè esistono molte leggende, la più conosciuta dice che un pastore chiamato Kaldi portava a pascolare le capre in Etiopia ed un giorno queste, incontrando una pianta di caffè, cominciarono a mangiare le bacche ed a masticare le foglie.
Arrivata la notte le capre anziché dormire si misero a vagabondare con energia e vivacità mai espressa fino ad allora. Vedendo questo il pastore ne individuò la ragione e abbrustolì i semi della pianta mangiati dal suo gregge, li macinò e, dopo averne fatta un'infusione, ottenne il caffè.
Le capacità eccitanti della bevanda furono presto sfruttate in ambito religioso per le veglie notturne e la bevanda fu grandemente apprezzata dai mistici sufi nello Yemen, già intorno al 1450.
Nel XV secolo questa bevanda cominciò a diffondersi in Medio Oriente prima (a Damasco, al Cairo e ad Instambul veniva consumata regolarmente nei luoghi d'incontro) e successivamente in Europa e nelle Americhe.
I primi europei a descrivere la pianta di caffè furono il botanico tedesco Leonard Rauwolf, in un libro pubblicato nel 1583 e l'italiano Prospero Alpini, nel suo libro De Medicina Aegyptiorum del 1591.
Prospero Alpini non parla però delle bacche della pianta di caffè, descritte in seguito da Charles de L'Écluse, nel 1605.
Venezia, per i suoi rapporti commerciali in Oriente fu la prima città a far uso del caffè in Italia, probabilmente sin dall'inizio del XVI secolo. Le prime botteghe del caffè nacquero però solo nel 1645. Nel XVII secolo, a Londra ed a Parigi una libbra di caffè costava fino a 40 scudi.
Verso la metà del XVII secolo il caffè cominciò ad essere importato e consumato in Inghilterra e vennero quindi aperti i primi caffè (coffeehouse). Nel 1663 in Inghilterra i coffeehouse erano un'ottantina e aumentarono rapidamente sino ad arrivare a circa 3000 nel 1715.
I caffè divennero presto luoghi dove nascevano e si diffondevano idee liberali, erano frequentati da scrittori, politici e filosofi e si diffusero in tutto il resto dell'Europa.
Nel 1670 a Berlino venne aperto il primo caffè e 16 anni dopo venne aperto a Parigi.
Nel 1684 Franciszek Jerzy Kulczycki, soldato polacco, aprì a Vienna la prima bottega del caffè.
Nel 1689 venne aperto il primo caffè negli Stati Uniti, a Boston. Nel 1696 il ne venne aperto uno a New York, The King's Arms.
Verso il 1700 ogni città europea aveva almeno un caffè.
In Olanda, la Compagnia delle Indie Orientali incominciò a coltivare il caffè verso la fine del XVII secolo, presso Giava utilizzando semi provenienti dallo Yemen.
Nel 1706 alcune piantine di caffè vennero trasferite da Giava al giardino botanico di Amsterdam, e da lì, nel 1713, una piantina arrivò in Francia.
Nel 1720 un ufficiale della marina francese, salpò alla volta dei Caraibi con qualche piantina di caffè. Negli anni seguenti le piante di caffè si diffusero rapidamente in tutta l'America Centrale: Haiti, Guadalupa, Giamaica, Cuba e Porto Rico. Nello stesso periodo gli olandesi trasportarono il caffè in un'altra loro colonia e da qui entrò nella Guiana Francese e poi in Brasile, dove, nel 1727, vennero create le prime piantagioni di caffè.